พิพิธภัณฑ์ปูซานได้รับการออกแบบเพื่อรักษาวัฒนธรรมดั้งเดิมของปูซานผ่านคอลเลกชันของโบราณวัตถุและผลงานศิลปะทางประวัติศาสตร์ ในปี 1995 ก่อตั้งขึ้นในฐานะพิพิธภัณฑ์มหานครปูซาน และในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2546 มันถูกเปลี่ยนเป็นพิพิธภัณฑ์ปูซานหลังจากการปรับปรุงและการเปิดหอนิทรรศการ 2.A หอรําลึกเมืองหลวงชั่วคราวได้เปิดขึ้นในอาคารเดี่ยว ซึ่งก่อนหน้านี้เคยเป็นที่อยู่อาศัยอย่างเป็นทางการของประธานาธิบดีลี มยอง-แบก พิพิธภัณฑ์จัดแสดงสิ่งของที่ Barley Mill และประธานาธิบดี Lee Seung Man ทิ้งไว้ และส่วนใหญ่อนุรักษ์โบราณวัตถุทางประวัติศาสตร์ของปูซาน ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2539 โบกชอน อาคารแยก ได้เปิดให้จัดแสดงพระธาตุที่ขุดพบจากสุสานโบราณโบกชอน ซึ่งเป็นสุสานที่เป็นตัวแทนของวัฒนธรรมปูซานในสมัยสามก๊ก โถงนิทรรศการ 2 จัดแสดงพระธาตุที่หลากหลายตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์จนถึงยุคปัจจุบัน