โบสถ์เซนต์ปอล ตั้งอยู่บนภูเขายกธง (หรือที่เรียกว่า ภูเขาตะวันตก พระเจ้าปาลิมิสุลาห์ พระเจ้ามาณิชากาฬ พระราชทานนามว่า มังกรทอง บนภูเขา อนุสาวรีย์หินเลอบนภูเขา ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นภูเขาเซนต์ปอล) สร้างขึ้นในปี 1521 สร้างให้ชาวโปรตุเกส นักสืบชื่อดังเซนต์ฟางเจกถูกฝังไว้ที่นี่และมีรูปปั้นหลวงพ่อเซนต์ฟงจือกตั้งอยู่ด้านหน้าโบสถ์ หลังจากชาวดัตช์ยึดครองมะละกาในปี ค.ศ. 1770 ชาวดัตช์ได้ใช้โบสถ์เป็นปราสาทและยังคงเห็นรูกระสุนจํานวนมากบนผนังด้านนอก ใน 1753 ชาวดัตช์ได้สร้างโบสถ์อีกแห่งหนึ่งในขณะที่โบสถ์เซนต์พอลเป็นสุสานของชนชั้นสูงชาวดัตช์และปัจจุบันยังคงรักษาสุสานที่จารึกไว้ด้วยภาษาละตินและโปรตุเกสไว้ ภายในโบสถ์เป็นสุสานชั่วคราวของเซนต์ฟงจ์ในปี 1553