โบสถ์เซนต์มาร์คตั้งอยู่บนเนินเขาในเมืองเก่าของซาเกร็บ หลังคาประดับด้วยตราแผ่นดินสองอันที่ทำจากกระเบื้องสีสันสดใส ด้านซ้ายเป็นตราแผ่นดินของโครเอเชีย ดัลมาเทีย และสลาโวเนีย ส่วนด้านขวาเป็นตราประจำเมืองซาเกร็บ ตัวโบสถ์เองไม่ได้ใหญ่โตนัก ผนังหินเรียบง่ายตัดกับหลังคาสีสดใสอย่างชัดเจน ซุ้มโค้งแบบโรมาเนสก์เรียงรายนำไปสู่ทางเข้า และเสาที่อยู่ติดกันแกะสลักด้วยลวดลายต่างๆ ในแสงยามเช้า สีของหลังคาดูสดใสเป็นพิเศษ จัตุรัสหน้าโบสถ์เงียบสงบ มีต้นไม้เก่าแก่ไม่กี่ต้นที่ผู้คนนั่งพักผ่อน