มัสยิดอัล-อัซฮาร์ ตั้งอยู่ใกล้ตลาดฮาริรีในเมืองเก่าของกรุงไคโร ประเทศอียิปต์ เริ่มสร้างในปี 970 โดยนายพลซาฮีร์แห่งราชวงศ์ฟาติมิด มีพื้นที่ 12,000 ตารางเมตร นับเป็นหนึ่งในมัสยิดที่เก่าแก่ที่สุดที่ยังคงหลงเหลืออยู่ในโลกอิสลาม
มัสยิดแห่งนี้ตั้งชื่อตามฟาติมา ธิดาของท่านศาสดามูฮัมหมัด เดิมทีเป็นสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนา ในปี 988 กาหลิบอาซิซได้ก่อตั้งโรงเรียนขึ้นภายในส่วนต่อเติมของมัสยิด ซึ่งเป็นต้นกำเนิดของมหาวิทยาลัยอัล-อัซฮาร์
ภายในบริเวณประกอบด้วยลานภายใน 13 แท่น 9 ประตู และหอคอย 6 แห่ง ซึ่งแสดงให้เห็นถึงรูปแบบศิลปะอิสลามแบบแอฟริกาเหนือและสเปนโบราณ ในสมัยราชวงศ์ฟาติมิด มัสยิดแห่งนี้ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางการเผยแพร่ศาสนาอิสลามนิกายชีอะห์ หลังจากถูกปิดโดยซาลาดินแห่งราชวงศ์อัยยูบิดในปี 1171 มัสยิดแห่งนี้ก็ได้รับการเปิดใหม่โดยไบเบอร์สที่ 1 แห่งราชวงศ์มัมลุกในศตวรรษที่ 13 และเปลี่ยนเป็นศูนย์การศึกษาของนิกายซุนนี
ในปี 1930 ตามกฎหมายของอียิปต์ มัสยิดและมหาวิทยาลัยได้แยกออกจากกันอย่างเป็นทางการ
ในปี 1961 มหาวิทยาลัยอัล-อัซฮาร์ได้เพิ่มสาขาวิชาสมัยใหม่ เช่น วิศวกรรมศาสตร์และแพทยศาสตร์ และจัดตั้งวิทยาเขตสาขาทั้งในประเทศและต่างประเทศ อิหม่ามได้รับการแต่งตั้งโดยอธิการบดีและมีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดการกิจการทางศาสนาและการตัดสินข้อพิพาท ระบบการศึกษาสมัยใหม่ของอัล-อัซฮาร์ครอบคลุมตั้งแต่ระดับประถมศึกษาจนถึงมหาวิทยาลัยและรับเฉพาะนักเรียนมุสลิมเท่านั้น