สร้างขึ้นโดยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง) พระมหากษัตริย์องค์แรกแห่งกรุงศรีอยุธยา ในปี พ.ศ. 1900 วัดใหญ่ชัยมงคลเป็นสถานที่ปฏิบัติธรรมของพระสงฆ์ที่กลับจากการแสวงบุญที่ศรีลังกา ส่วนพระมหาเจดีย์นั้นสร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2135 โดยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เพื่อเฉลิมฉลองชัยชนะเหนือพม่า (ปัจจุบันคือประเทศเมียนมา) ในปีเดียวกัน