ตลอดประวัติศาสตร์ของคูจานด์ ป้อมปราการตั้งอยู่ใจกลางเมือง เป็นเวลา 2,500 ปีที่ป้อมคูจานด์ขยายตัวไปพร้อมกับเมือง ถูกทำลายโดยผู้รุกราน และสร้างขึ้นใหม่
หลังจากการขุดค้นทางโบราณคดี พบว่าป้อมแรกสร้างขึ้นในศตวรรษที่ 6-5 ก่อนคริสต์ศักราช และประกอบด้วยคันดินที่ค่อยๆ เปลี่ยนเป็นกำแพงหนาทำจากดินดิบ นอกจากนี้ยังมีกำแพงเมืองที่ครอบคลุมพื้นที่ 20 เฮกตาร์
ในช่วงรุ่งเรืองของเส้นทางสายไหมใหญ่ ป้อมคูจานด์และกำแพงเมืองถูกสร้างขึ้นใหม่ แต่เมืองขยายตัวมากขึ้นและแบ่งออกเป็นสามส่วน: ป้อมชั้นใน (citadel) ย่านรอบนอก (rabad) และเขตเมืองหลัก (shahristan) ในเวลานั้น ป้อมคูจานด์ถือเป็นหนึ่งในเมืองที่สำคัญที่สุดในเอเชียกลาง แต่ป้อมถูกทำลายโดยกองทัพของเจงกิสข่านในปี 1219-1220
ในปี 1999 ส่วนหนึ่งของกำแพงด้านตะวันออกของป้อมคูจานด์ซึ่งมีอายุย้อนไปถึงศตวรรษที่ 8-10 ได้รับการบูรณะ